Portör muayenesinin uygulama süreci hem işe girişte hem de periyodik kontrollerde belirli adımları içerirdi:
 

• İşe Giriş Sağlık Raporu: Riskli sektörlerde çalışacak kişilerin işe başlamadan önce tam bir sağlık muayenesinden geçerek bulaşıcı hastalık taşımadıklarına dair rapor almaları gerekirdi​

Bu muayene sırasında doktor, çalışanın şikâyet öyküsünü alır, ayrıntılı bir fizik muayene yapar ve portör taraması kapsamında gereken laboratuvar testlerini isterdi. Özellikle gıda sektörü gibi alanlarda yeni işe giren personelden genellikle birkaç gün arayla birden fazla dışkı numunesi vermesi istenerek tifo taşıyıcılığı açısından güvenilir bir tarama yapılırdı.
 

• Periyodik Muayeneler: Çalışan işe başladıktan sonra, her 3 ayda bir benzer sağlık kontrollerinden geçmek zorundaydı​

Bu periyodik muayeneler çoğunlukla işyerinin anlaşmalı olduğu işyeri hekimi tarafından gerçekleştirilirdi. İşyeri hekimi, çalışanı fiziksel olarak muayene eder; ateş, cilt lezyonu, boğaz enfeksiyonu belirtisi gibi bulgulara bakar ve düzenli aralıklarla yapılması gereken laboratuvar tetkiklerini planlardı. Eğer işyerinde işyeri hekimi yoksa veya küçük işletmeler söz konusuysa, çalışanların muayenesi belediye veya hükümet tabiplerince (sağlık ocakları, toplum sağlığı merkezleri vb.) ücretsiz olarak yapılır ve kayıt altına alınırdı​
 

• Laboratuvar Tetkikleri: Periyodik portör muayenelerinde yapılacak temel laboratuvar testleri Sağlık Bakanlığı genelgeleriyle standartlaştırılmıştı. Yılda en az bir kez dışkı kültürü (Salmonella/Shigella için) ve boğaz-burun kültürü (Staphylococcus aureus için), 6 ayda bir dışkı mikroskobisi (parazitler için) ve yılda bir akciğer grafisi (tüberküloz taraması için) rutin olarak uygulanırdı​

İşyeri hekimi gerekli görürse bu testlerin sıklığını arttırabilir veya ek tetkikler (ör. hepatit testleri) isteyebilirdi​
 

• Sağlık Kartı ve Raporlama: Portör muayenelerinin sonuçları çalışanların sağlık muayene kartlarına veya portör muayene raporlarına işlenirdi. Her çalışan için bir Sağlık Muayene Kartı düzenlenir ve yapılan tetkiklerin tarihleri ile sonuçları burada kayıt altında tutulurdu. Muayeneyi gerçekleştiren hekim, çalışanın kartını onaylayarak o döneme ait portör kontrolünün yapıldığını belgelendirirdi​. İş müfettişleri veya sağlık denetçileri, işyerlerinde bu kart ve raporları kontrol ederek yasal yükümlülüğün yerine getirilip getirilmediğini denetlerdi.
• Sonuçların Değerlendirilmesi ve İşyeri Önlemleri: Eğer yapılan tetkikler sonucunda çalışanında bulaşıcı bir etken saptanırsa, derhal önlem alınırdı. Örneğin boğaz kültüründe beta-hemolitik streptokok üreyen ya da dışkı kültüründe Salmonella/Shigella tespit edilen bir personel, uygun tedavisi tamamlanıp tamamen iyileşene dek geçici olarak işten uzaklaştırılır veya müşteriyle teması olmayan bir pozisyona kaydırılırdı​

Bu süre zarfında kişi tedavi edilip, kontrol testleri ile artık taşıyıcı olmadığı görüldüğünde yeniden çalışmasına izin verilirdi​

Benzer şekilde, akciğer filminde aktif tüberküloz bulgusu çıkan bir çalışan, durumunu Göğüs Hastalıkları uzmanı raporuyla netleştirip tedaviye başlanana kadar işe ara vermek zorundaydı. Tüm bu süreç hem çalışanların sağlığını hem de halk sağlığını korumaya yönelik bir izleme sistemi olarak işlev görürdü​